Cómo sucediera durante las últimas ediciones la Copa Federación contará con la fase clasificatoria y una etapa final. En primera instancia los 26 equipos participantes fueron divididos en 7 zonas, de las cuáles hay 5 con 4 equipos y en las restantes 2 son 3 los elencos participantes. Así será como jugarán bajo el sistema de todos contra todos en partidos de ida y 
vuelta por sumatoria de puntos, donde los dos mejores de las 7 zonas se clasificarán a la etapa final, al igual que los dos mejores terceros de las 5 zonas en las que participan 4 equipos. De esta manera quedarán clasificados los 16 elencos que afrontarán la etapa final de la Copa, jugándose en partidos de eliminación directa ida y vuelta en las instancias de octavos de final, cuartos de final, semifinales y la gran final.
Los últimos campeones
Estos son los elencos que en las últimas temporadas se quedaron con el título de la Copa Fede-ración:
2007: Atlético de Baradero.
2008: El Fortín de Colón.
2009: Sportivo Baradero.
2010: Rivadavia de Baradero.
2011: Obras de Arrecifes.
2012: Atlético Las Campanas.
2013: Florencio Varela Chivilcoy.
2014: No se disputó.
2015: Real Sprint San Nicolás.
2016: Atlético de Baradero.
2017: Juventud de Pergamino.
2018: Sarmiento de Zárate.
